תחומי מחקר נבחרים: אנתרופולוגיה וסוציולוגיה של הגוף, לימודי מוגבלות, מחקר בתרבות חזותית, עיוורון, מגדר ותיאוריה פמיניסטית, אנתרופולוגיה של החושים, לימודי תרבות, פרפורמנס.
ד"ר גילי המר עשתה את פוסט-הדוקטורט שלה במכון ללימודי נשים ומגדר באוניברסיטת מישיגן ופוסט-דוקטורט נוסף בתוכנית ללימודי מוגבלות באוניברסיטת ברקלי. בעבודת הדוקטורט חקרה ד"ר גילי המר מגדר ונשיות בקרב נשים עיוורות, וייצוגים של ראייה ועיוורון במרחב הציבורי בישראל.
כיום חוקרת ד"ר גילי המר את התופעה המתפתחת של פרפורמנס של מוגבלות בישראל ובארה"ב על ידי עבודה אתנוגרפית בפרויקטים ולהקות של מחול משולב. המחקר מתמקד בפרקטיקות חושיות כמו תנועה ובהגדרות של גוף, חושים ומוגבלות במסגרת מפגש בין אנשים בעלי גופים ויכולות מגוונים.
תחומי המחקר שלה כוללים: לימודי מוגבלות, אנתרופולוגיה של החושים, אנתרופולוגיה של הגוף, תרבות חזותית, פרפורמנס, לימודי מגדר ותיאוריה פמיניסטית, ותיאוריה אנתרופולוגית וסוציולוגית.